SARS-CoV-2 Sequenzierung

Allgemeines

Besorgniserregende Virusvarianten (variants of concern, VOC) sind Virusvarianten, die sich in ihren Erregereigenschaften wie beispielsweise der Übertragbarkeit, der Virulenz, oder der Suszeptibilität gegenüber der Immunantwort von genesenen oder geimpften Personen relevant von den herkömmlichen Virusvarianten unterscheiden.
Den Vorgaben der kassenärztlichen Bundesvereinigung zur Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-Cov-2 entsprechend erfolgt die Bestimmung bei Virusnachweis.

Indikation

Bei Nachweis von SARS-CoV-2 erfolgt die Sequenzierung in Abhängigkeit der epidemiologischen Lage

Material

Universalabstrich

eSwab Applikator mit Tupfer in Standardgröße

eSwab Applikator mit mini-Tupfer

eSwab Applikator mit flexiblem Nasopharyngeal-Tupfer

alternativ:
Trockener Abstrichtupfer

alternativ:
Rachenspülwasser

Abstriche sollten möglichst nicht mit Blut kontaminiert sein oder dem Sonnenlicht ausgesetzt werden.

Durchführung

Durchführungsort/-orte:

MZLA - Standort Altenburg

Referenzbereich

Wildtyp (Clade 19A)

Beurteilung der Ergebnisse

Meldepflicht:

Bei positivem Nachweis erfolgt eine namentliche Meldung an das Gesundheitsamt, sofern der direkte oder indirekte Nachweis auf eine akute Infektion hinweist.

Die phylogenetische Zuordnung erfolgt mittels Softwaretools (PANGOLIN, Nextstrain).

SARS-CoV-2 Phylogenetik - Nextstrain Nextclade — SARS-CoV-2 Phylogenetik – Nextstrain Nextclade

Grenzen des Verfahrens

Insbesondere bei niedriger Viruskonzentration in der Probe können invalide Ergebnisse entstehen.

Weiterführende Untersuchungen

Methode

Methodenbeschreibung
Methode	Ion torrent sequencing (Halbleitersequenzierung)
Gerät	SX101, Veriti, ST401i, ST401e, SQ301, SQ Reporter

Literatur

Stand: 05.08.2021