Bakterien:

Campylobacter (C. jejuni/C. coli/C. upsaliensis):
Das FilmArray GI Panel enthält zwei Assays, die dafür ausgelegt sind, gemeinsam die häufigsten Campylobacter-Spezies nachzuweisen, die mit gastrointestinalen Krankheiten des Menschen assoziiert werden: C. jejuni, C. coli undC. upsaliensis, aber sie nicht zu unterscheiden. Dies sind die gleichen drei Spezies, die unter Verwendung von klinischen Standard-Laborpraktiken bestimmt werden. Andere Campylobacter-Spezies werden vom FilmArray GI Panel nicht identifiziert. Empirische Tests und in silico-Sequenzanalyse zeigen eine verringerte Empfindlichkeit für eine weniger häufige Subspezies von C. jejuni (C. jejunisubsp. doylei).

Clostridioides (früher Clostridium) difficile Toxin A/B:
Das FilmArray GI Panel enthält einen einzelnen Multiplex-Assay für die Bestimmung von toxinogenem C. difficile, der sowohl auf das Gen des Toxins A (tcdA) als auch das Gen des Toxins B (tcdB) zielt. Typische toxinogene Stämme erzeugen beide Toxine, aber das Vorhandensein von irgendeinem von beiden zeigt einen pathogenen Stamm an. Empirische Tests und in silico-Sequenzanalysen bestätigen, dass der Assay alle Toxinotypen und den epidemischen hypervirulenten BI/NAP1/027-Stamm nachweist, obwohl diese durch den Assay nicht spezifisch unterschieden werden. Da die Häufigkeit von asymptomatisch verlaufenden Infektionen mit C. difficile unter sehr jungen Kindern und Krankenhauspatienten hoch sein kann, sollte ein Nachweis von toxinogenem C. difficile innerhalb des Kontextes der Richtlinien interpretiert werden, die von der Prüfeinrichtung oder anderen Experten entwickelt worden sind (z. B. Richtlinien/Grundsatzerklärungen, die von der American Academy of Pediatrics18oder der Society for Healthcare Epidemiology of America und der Infectious Disease Society of America herausgegeben worden sind)

Plesiomonas shigelloides:
Das FilmArray GI Panel enthält einen einzelnen Assay für den Nachweis von P. shigelloides, der einzigen bekannten Spezies der Gattung Plesiomonas.

Salmonella:
Das FilmArray GI Panel enthält einen einzelnen Assay, der dafür ausgelegt ist, beide Spezies von Salmonella; S. enterica und S. bongori nachzuweisen. Empirische Tests und in silico-Sequenzanalysen unterstützen den Nachweis aller Subspezies und Serovare von Salmonella. Eine Kreuzreaktivität kann mit bestimmten Stämmen von E. coli vorkommen, die Varianten des kryptischen ETT2 Typ-III Sekretionssystems enthalten.

Vibrio (V. parahaemolyticus/V. vulnificus/V. cholerae) und Vibrio cholerae:
Das FilmArray GI Panel enthält einen einzelnen Assay zum Nachweisen von Vibrio-Spezies, die am häufigsten an Gastroenteritis beteiligt sind (V. parahaemolyticus, V. vulnificus und V. cholerae). Empirische Tests und in silico-Sequenzanalysen zeigen, dass der Assay auch mit einigen weniger häufigen Vibrio-Spezies (d. h. V. alginolyticus, V. fluvialisund V.mimicus) reagieren kann. Der Vibrio-Assay zeigt nicht an, welche Spezies nachgewiesen worden ist, und es wird nicht erwartet, dass der Vibrio-Assay die selteneren V. cincinnatiensis, V. furnissiiund V. metschnikovii nachweist. Ein zweiter Assay für den spezifischen Nachweis von Vibrio cholerae ist ebenfalls enthalten.

Yersinia enterocolitica:
Das FilmArray GI Panel enthält einen einzelnen Assay (Yent), der dafür ausgelegt ist, alle bekannten Serotypen/Biotypen von Y. enterocoliticanachzuweisen. Empirische Tests und in silico-Sequenzanalysen deuten auf ein Potenzial für Kreuzreaktivität mit Y. kristenseniiund Y. frederiksenii hin, wenn die Keimzahlhoch ist (>108KbE/ml). Diese beiden Spezies gehören zur Gruppe der Y. enterocolitica und können durch Kulturmethoden nur schwer von Y. enterocoliticaunterschieden werden; beides sind vermutlich Humanpathogene.

Diarrhöische E. coli:

Das GI Panel enthält mehrere Assays, die dafür ausgelegt sind, genetische Determinanten nachzuweisen, die mit klassischen diarrhöischen E. coli/Shigella-Pathotypen assoziiert werden. Eine horizontale Übertragung dieser Gene zwischen Organismen wurde dokumentiert; daher können Nachweise für mehrere diarrhöische E. coli/Shigella auf das Vorhandensein mehrere Pathotypen oder einen einzigen Stamm zurückzuführen sein, der die charakteristischen Determinanten mehrerer Pathotypen enthält. Ein Beispiel dafür ist der Stamm E. coli O104:H4, der für gehäufte Krankheitsausbrüche im Jahre 2011 verantwortlich war und der Determinanten für sowohl Shiga-Toxin produzierende E. coli (STEC) als auch enteroaggregative E. coli (EAEC) enthält.

Enteroaggregative E. coli(EAEC):
Das FilmArray GI Panel enthält einen Multiplex-Assay (EAEC) für die Bestimmung von zwei Gen-Zielen, die in der Regel mit enteroaggregativem E. coli assoziiert werden; das aggR-Regulatorgen und das mutmaßliche Außenmembranprotein, aatA, die beide auf dem teilkonservierten pAA-Plasmid liegen.
Hinweis: pAA ist nicht in allen Stämmen vorhanden, die phänotypisch als EAEC bestimmtwerden, und nicht alle pAA-Plasmide tragen aggR-und aatA-Gene; daher weist das FilmArray GI Panel nicht alle Mitglieder dieses diversen Pathotyps nach, aber es ist davon auszugehen, dass es die meisten pathogenen Stämme nachweist (unter anderem E. coliO104:H4, der für die Krankheitsausbrüche in Europa verantwortlich war).

Enterotoxigene(ETEC) hitzelabile (lt) und hitzestabile (st) Enterotoxine:
Das FilmArray GI Panel enthält drei Assays (ETEC 1, ETEC 2 und ETEC 3) zum Nachweis von Enterotoxinen, die in enterotoxigenen E. coli(ETEC) vorkommen. Diese Assays sind dafür ausgelegt, das hitzelabile (LT) Enterotoxin (ltA) und zwei hitzestabile (ST) Enterotoxinvarianten (st1a, auch als STp bezeichnet; und st1b, auch als STh bezeichnet) nachzuweisen. Die mitgeteilten Ergebnisse zeigen nicht an, welches von diesem Toxin / diesen Toxinen nachgewiesen worden ist. Ein positives Ergebnis einer Kombination dieser drei Assays liefert als Ergebnis Detected (Nachgewiesen) für enterotoxische E. coli(ETEC) lt/st. Die LT-II Toxinvariante (die dem Aufbau nach LT ähnelt) und die STB/ST2 Toxinvariante (die dem Aufbau nach ST1 ähnelt) stellen kein Target für die ETEC-Assays dar und gelten nicht als wichtig für menschliche Erkrankungen. Empirische Tests und in silico-Sequenzanalysen deuten auf ein Potenzial für eine Kreuzreaktivität mit bestimmten Stämmen von Hafnia alvei,C. koseri,C. sedlakii und Cedecea davisae hin.

Enteropathogene E. coli(EPEC):
Das FilmArray GI Panel enthält einen einzelnen Assay (Ec eae) für den Nachweis von eae, dem Gen, welches das Adhäsin Intimin kodiert. Sowohl typische als auch atypische EPEC werden nachgewiesen, jedoch nicht unterschieden. Die LEE-Pathogenitätsinsel, die das eae-Gen enthält, findet sich in manchen Shiga-Toxin produzierenden E. coli(STEC; O157-und non-O157-Stämme). Daher werden die Ergebnisse des eae-Assays (positiv oder negativ) nur mitgeteilt, wenn STEC nicht nachgewiesen wird. Infolgedessen kann das FilmArray GI Panel nicht zwischen STEC, die eaeenthalten, und einer Co-Infektion von EPEC und STEC unterscheiden.

Shiga-Toxin produzierende E. coli(STEC) Shiga-Toxin-Gene 1 und 2 (stx1/stx2):
Das FilmArray GI Panel enthält zwei Assays (STEC 1 und STEC 2) zum Nachweis von Sequenzen von Shiga-Toxin 1 (stx1) und Shiga-Toxin 2 (stx2). Auf dem Befund wird nicht angezeigt, welches von diesem Toxin / diesen Toxinen nachgewiesen worden ist. Ein positives Ergebnis für einen oder beide von diesen Assays ergibt als Testergebnis für Shiga-Toxin produzierende E. coli(STEC) stx1/stx2Detected (E. coli (STEC) stx1/stx2 nachgewiesen).
Hinweis: Shiga-Toxin (stx; identisch mit stx1von STEC) kommt in Shigella dysenteriaevor; daher kann ein Befunddes FilmArray GI Panel mit positiven Testergebnissen für Shiga-Toxin produzierende E. coli(STEC) stx1/stx2undShigella/enteroinvasive E. coli (EIEC) in derselben Probe auf das Vorhandensein von S. dysenteriae hinweisen.

E. coli O157:
Um die Bestimmung von STEC des O157-Serotyps zu erleichtern, enthält das FilmArray GI Panel einen einzelnen Assay (Ec O157) zum Nachweiseines Gen-Targets, das spezifisch ist für diesen Serotyp. Stämme von E. coli O157, welche die Shiga-Toxin-Gene nicht tragen, wurden ebenfalls identifiziert. Da jedoch die Pathogenität dieser non-STEC-Stämme undefiniert bleibt, wird das Assay-Ergebnis für E. coliO157 nicht mitgeteilt, wenn nicht auch ein Shiga-Toxin-Gen nachgewiesen wird.Ein Nachweis von STEC stx1/stx2 und dem E. coli O157-Target führt dazu, dass E. coli O157 als Kennzeichnung für das positive STEC-Ergebnis genannt wird. Das FilmArray GI Panel kann nicht zwischen Infektionen mit einem einzelnen toxischen STEC O157 oder seltenen Co-Infektionen von STEC (non-O157) mit einem stx1/stx2-negativen E. coli O157 unterscheiden

Shigella/Enteroinvasive E. coli (EIEC):
Das FilmArray GI Panel enthält einen einzelnen Assay zum Nachweisen von ipaH, einem Gen, das spezifisch in Shigella-Spezies sowie in enteroinvasiven E. coli (EIEC) vorkommt. Es ist nicht möglich, Shigella anhand dieses Verfahrens von EIEC zu unterscheiden, und der Nachweis von ipaH führt zu einem positiven Testergebnis Shigella/Enteroinvasive E. coli(EIEC) .
Hinweis: Shiga-Toxin (stx; identisch mit stx1 von STEC), kommt in Shigella dysenteriaevor, daher kann ein Befund des FilmArray GI Panels mit positiven Testergebnissen für Shiga-Toxin produzierende E. coli (STEC) stx1/stx2 mit Shigella/Enteroinvasiven E. coli (EIEC) in derselben Probe auf das Vorhandensein von S. dysenteriae hinweisen.

Viren:

Adenovirus F40/41:
Das Panel enthält einen einzelnen Multiplex-Assay für den spezifischen Nachweis von sowohl Adenovirus F40 als auch F41 (d. h. keine Kreuzreaktion mit non-40/41 Adenovirus-Spezies bei Ausscheidung im Stuhl). Der Befund zeigt nicht an, welcher Serotyp (40 oder 41) nachgewiesen worden ist. Der Assay weist keine anderen Adenovirus-Spezies nach, wie die Spezies B, C und E, die mit respiratorischen Infektionen assoziiert sind.

Astrovirus:
Das Panel enthält einen einzelnen Assay, der dafür ausgelegt ist, acht Subtypen (HAstV1-8) des humanen Astrovirus nachzuweisen. Es ist nicht davon auszugehen, dass der Assay neu identifizierte Astroviren der monophyletischen MLB-und VA-Gruppen nachweist.

Norovirus GI/GII:
Das GI Panel enthält zwei Assays, deren Target jeweils die Norovirus-Genogruppen sind, die am häufigsten mit Infektionen beim Menschen assoziiert sind (GI und GII). Keiner der Assays weist die Genogruppe GIV, nicht-humane Genogruppen oder nahe verwandte Caliciviren, wie das Sapovirus, nach. Der Befund zeigt nicht an, welche Genogruppe(n) (GI und/oder GII) nachgewiesen worden sind.

Rotavirus A:
Das GI Panel enthält zwei separate Assays für Rotavirus A, um sämtliche Stämme von Rotavirus A abzudecken. Eine in silico-Sequenzanalyse zeigt an, dass diese Assays keine Kreuzreaktion aufweisen mit Rotaviren B und C, die weniger häufig an Erkrankungen des Menschen beteiligt sind, oder mit Rotaviren D, E und F , die beim Menschen nicht gefunden worden sind. Empirische Tests haben gezeigt, dass diese Assays rekombinante Viren nachweisen, die in Rotavirus-Vakzinen enthalten sind.

Sapovirus(Genogruppen I, II, IV und V):
Das GI Panel enthält einen einzelnen Assay, der dafür ausgelegt ist, Sapovirus-Genogruppen, die bei menschlichen Infektionen nachgewiesenworden sind (I, II, IV und V) zu detektieren, jedoch ohne zwischen ihnen zu unterscheiden. Die Genogruppe III, ein Schweine-Pathogen, wird nicht nachgewiesen.

Parasiten

Cryptosporidium:
Das Panel enthält zwei Assays zum Nachweis von Cryptosporidium-Spezies. Empirische Tests und in silico-Sequenzanalysen belegen den Nachweis von ungefähr 23 verschiedenen Cryptosporidium-Spezies, einschließlich der häufigsten Spezies mit klinischer Relevanz für den Menschen (d. h. C. hominis und C. parvum), ebenso wie für weniger häufige Spezies (z. B. C. meleagridis, C. felis, C. canis, C. cuniculus, C. muris und C. suis). Die Assays unterscheiden nicht zwischen Spezies, und die sehr seltenen Spezies C. bovis, C. ryanae und C. xiaoi werden möglicherweise nicht nachgewiesen.

Cyclospora cayetanensis:
Das Panel enthält einen einzelnen Assay für den Nachweis von C. cayetanensis, der einzigen Cyclospora-Spezies, die an Erkrankungen des Menschen beteiligt ist.

Entamoeba histolytica:
Das Panel enthält einen einzelnen Assay zum Nachweis von E. histolytica, der einzigen Entamoeba-Spezies, die an Gastroenteritis beteiligt ist. Dieser Assay kann eine Kreuzreaktion mit den nahe verwandten E. dispar zeigen, wenn die Erregerzahl hoch ist (etwa 105 Oozysten/ml oder mehr).

Giardia lamblia:
Das  Panel enthält einen einzelnen Assay (Glam), der dafür ausgelegt ist, G. lamblia (aka G. intestinalis, G. duodenalis), die einzige Giardia-Spezies, die für Menschen infektiös ist, nachzuweisen. Eine sehr geringe Häufigkeit einer Kreuzreaktivität mit kommensalen Mikroorganismen (d. h. Bifidobacterium und Ruminococcus) wurde bei der klinischen Bewertung beobachtet.