Das Endomysium ist eine dünne bindegewebige Schicht, die Muskelfasern von ihrer Umgebung trennt. Autoantikörper gegen Endomysium richten sich gegen die Gewebstransglutaminase und können unter Umständen neben der Zöliakie auch bei der Dermatitis herpetiformis Duhring nachgewiesen werden.
Die IgA zeigen eine höhere Spezifität als die IgG, doch sollten aufgrund eines möglichen IgA-Mangels stets beide Antikörper bestimmt werden. Ergänzend kann der Nachweis von Antikörpern gegen die Gewebstransglutaminase und die Gliadin-Fraktion des Glutens für eine höhere diagnostische Sicherheit durchgeführt werden.