Je näher die Probe aus Arealen zum Infektionsherd stammt, desto größer ist die Wahrscheinlichkeit, den klinisch relevanten Erreger zu isolieren und nicht einen unbedeutenden Begleitflora- oder Kolonisationskeim. Die Konjunktiva ist physiologisch nur spärlich von apathogenen Keimen besiedelt. Die Schleimhäute des Mund-Nasen-Rachenraums weisen hingegen eine zahlen- und artenreiche Normalflora auf. Die meisten hier nachweisbaren potentiellen Erreger sind häufig auch bei Gesunden anzutreffen, daher erfordert es stehts eine kritische Bewertung im Zusammenhang mit dem klinischen Bild. Nasennebenhöhlen und Mittelohr sind physiologisch zwar steril, lassen sich aber oft nur kontaminiert mit Nachbarflora gewinnen.