Je näher die Probe aus Arealen zum Infektionsherd stammt, desto größer ist die Wahrscheinlichkeit, den klinisch relevanten Erreger zu isolieren und nicht einen unbedeutenden Begleitflora- oder Kolonisationskeim. Tracheal- und Bronchialsekret ist physiologisch steril. Die meisten potentiellen Erreger siedeln aber bei Gesunden unterschiedlich häufig im Mund-Nasen-Rachenraum. Je weniger das untersuchte Material mit dieser Flora kontaminiert ist, umso eher kann fakultativen Erregern ein Krankheitswert beigemessen werden. Die Bewertung von Keimen im Sputum ist wegen der zwangsläufigen Kontamination stets besonders kritisch vorzunehmen.